為明代萬歷十四年（公元1587年）僧人徹空所建。原名“鹿野禪林”。據悉徹空建寺之初，在山麓請人占卜選址，恰巧逢一群鹿經過。徹空緊隨而至，來到這塊建筑師山環抱，松杉掩映之地。只見群鹿棲居嬉戲，流泉淙淙，是塊理想的風水寶地，于是切空祈禱說：“此間與我有緣，當收群鹿為徒”。誰知第二天，不見鹿的蹤影不長，“鹿走龍來”，這里又被幾條孽龍所強占。這幾條龍起先還相安無事，過了不久就常為一些小事爭斗，鬧得山洪瀕起，狂風不止，毀壞山林田疇，成為附近一大公害，徹空見狀，決制龍，除此一害。并掘下“制龍洞”以銅鐘化石降服三龍。即：黃龍、烏龍、白龍、并訓服之，將原來的“鹿野寺“更名為黃龍寺。

黃龍寺在徹空的苦心經營下，制定了嚴格的規章，其中就有“山木不得折損一枝”的要求。十幾年后松杉掩映遠近享有一定名氣，當時明神粽子母親慈圣皇太后（亦稱：李太后），為抬高自己的身份和地位，崇信佛教，在全國大布施。因慈圣皇太后，本系宮女出身，被穆宗眷顧了一資助，生得一聰慧的兒子，她兒子六風立為皇太了，十歲登基。斷承大統做了皇帝，幾項原因使慈圣更加迷信，認定兒子登基上佛祖圣靈的保佑，加倍希望兇兒子平安。在京城內外大建寺廟，動則耗資幾萬兩，明神宗也竭力支持“助施無算”。徹骨空那時通過歸宗名僧達觀。結識了慈圣皇太后，太后正在向全國大施舍，就賜了大量經卷，法器、佛什用品于此。（有上刻藏經六百三十七函，續刻藏經四十一函，四百一十卷，以及羅漢十八軸。滲金佛像，昆盧佛像，太金銅香爐、花瓶、萬歲牌、圓球大鏡等）使黃龍寺名聲大噪，紅及一時一躍成為“五大叢林”之上的名寺，為此徹空建賜經亭，并在以工殿左龕供奉萬歷太后像，早晚摩拜，香火愈來愈來盛。

只是到了清代中后期，太平軍來此毀廟五間，1939年又被日工資軍毀三間，最后只剩下后面的禪房。1926年（民國十五年）康有為第三次上廬山，來此游覽，為寺里題寫了“黃龍寺”，“禪堂”二塊匾額。 1997年在現在的主持大力倡導下，重建了大雄寶殿。這是個新廟，如果諸位感興趣可進去，磕個頭，燒柱香參觀游覽。